Con la fundación del Instituto de Burgos en 1845 se crea la Cátedra de Historia Natural. Ya en 1851 se catalogan 238 minerales, rocas y fósiles, donados por el Catedrático de la asignatura y por el Gobierno de Isabel II, junto con 90 cuadros de zoología de Achille Compte. En el inventario de 1852 se suman a estos materiales una relación de 52 animales disecados. Con estas primeras adquisiciones se funda el Gabinete de Historia Natural, adjunto a la Cátedra. El Gabinete crecerá con las múltiples donaciones y compras de las décadas siguientes estimuladas, fundamentalmente, por cuatro catedráticos de la asignatura: Martín Pérez San Millán (1845-1866); Mauricio Pérez San Millán (1867-1893); José López de Zuazo (1900-1916) y Marcelino Cillero Angulo (1919-1941).
Entre 1861 y 1943 existe en el Instituto de Burgos la Cátedra de Agricultura, en la que impartirán clase diversos catedráticos (entre otros, Marcelino Goya López, 1863-1883, y Jenaro Pérez Villarejo, 1902-1914). A esta Cátedra se la dota de materiales propios, con los que forma su propio Gabinete de Agricultura.
José López de Zuazo cataloga las colecciones de Historia Natural, que figuraban “algo dispersas”, editando el Catálogo del Gabinete de Historia Natural en 1913. Ordena las colecciones del Gabinete tras la remodelación del Instituto de Burgos en 1905.
En 1936 los alumnos y alumnas son separados en dos secciones, manteniendo un único claustro. Hacia 1963 se desdobla el instituto en sección masculina y femenina, con direcciones y claustros independientes. En 1967 se traslada la sección masculina a un nuevo edificio, llamado “Instituto Conde Diego Porcelos”, quedando en el Instituto Cardenal López de Mendoza, llamado así desde 1957, la sección femenina del Instituto de Burgos.
Como consecuencia se produce el reparto, entre ambos Centros, de la biblioteca y de las colecciones y materiales de laboratorio del antiguo Instituto de Burgos, al considerarse ambos centros parte de la misma institución, creada en 1845.
De esta forma, gran parte de las colecciones geológicas, biblioteca, y material visual y de microscopía, reunidos en el Gabinete de Historia Natural pasan al Instituto Conde Diego Porcelos, manteniéndose en el Instituto Cardenal López de Mendoza las colecciones de Zoología, Botánica, Agricultura y Anatomía del antiguo Gabinete. Hoy, parte de la biblioteca y materiales del antiguo Instituto de Burgos permanece en el Conde Diego Porcelos y parte en el Cardenal López de Mendoza, en espera de que algún día se imponga el sentido común y se reúna todo el legado del Instituto de Burgos en un solo edificio para su estudio, conservación y exposición.
