El estudio de las “ciencias experimentales” puede decirse que comienza en los Institutos españoles con el llamado Plan Pidal de 1845 que vino a establecer estas materias con carácter obligatorio. Así, en el quinto año de elemental se cursaba la asignatura de Elementos de Física y, en los estudios de ampliación, la Química general y Astronomía física.
Para hacer frente a estos nuevos estudios los Institutos debían disponer, de acuerdo con una Circular promulgada por el Director General de Instrucción Pública, D. Antonio Gil de Zárate, en 1846 de “un gabinete de Física con los aparatos para la enseñanza de la Física elemental, un laboratorio de Química con los aparatos y reactivos necesarios, y un patio donde se pudieran hacer operaciones químicas al aire libre. Se informaba, además, de la existencia de catálogos, generalmente de empresas francesas, donde se podían adquirir los aparatos señalados.
Sin embargo, los primeros materiales e instrumentos utilizados en las clases, tal como figura en la Memoria del Curso 1847-48, procedían de donaciones realizadas por D. José Díaz Oyuelos, profesor de Física Experimental y Química. En este mismo sentido, durante el curso 1849-50 el director del Instituto encargó al catedrático de Física, D. Carlos Mallaina, la elaboración de un listado del material necesario para dotar este gabinete.
Unos años más tarde, un Reglamento de 1859, que desarrollaba la Ley de Educación de 1857, reguló“los medios de instrucción que debían existir en los Institutos, con un catálogo de los objetos propios de cada asignatura”. El nombramiento, en 1870, como catedrático, de D. Domingo Martín Pérez supuso un importante impulso para el Gabinete de Física y Química. Además de realizar numerosos trabajos prácticos con los alumnos, en 1872 el ayuntamiento le encargó los análisis de las aguas potables de la ciudad. En 1876, el rector del distrito le encomendó la creación de un laboratorio de Agricultura, en el que se llevaron a cabo numerosos análisis oficiales y extraoficiales y, desde 1878, colaboró con el director del Observatorio de Madrid para enviar informes periódicos al Observatorio de Washington.
Las reiteradas peticiones de material científico, canalizadas a través de la Dirección General de Instrucción Pública, consiguieron que, a finales del siglo XIX, el Instituto contase con un conjunto de instrumentos para realizar numerosas Experiencias de Cátedra que, de acuerdo con el inventario de 1896, se valoraban en dieciocho mil pesetas.