El estudio de idiomas en el Instituto ha tenido siempre una gran tradición. Al francés, como idioma dominante desde los inicios, se sumó el estudio del inglés con la creación de la cátedra libre de Lengua Inglesa en 1868. En 1937, por razones políticas, se crearon los estudios de alemán e italiano.
Creada en 1845 la cátedra de francés estuvo ocupada por D. Vicente Ortiz que fue remplazado en 1859 por D. Eustaquio Pellicer Larrocha quien permaneció en la misma hasta su muerte en 1868. Fue sustituido por D. José Joaquín Manterola, pero al pasar a ocupar la cátedra gratuita de Lengua Inglesa, fue remplazado por D. Antonio Hornedo Velasco. En 1887 viene a Burgos como catedrático de francés Pinedo Lacassi y, en 1891, procedente del Instituto de Córdoba, llegó D. Rodrigo De Sebastián Ribes que será cofundador de los cursos de verano Mérimée-de Sebastián. En enero de 1908, Ernest de Mérimée, catedrático de la Universidad de Toulouse, contactó por carta con De Sebastián proponiéndole la creación de unos cursos de verano. Fueron aprobados en el mes de mayo por el rector de la Universidad de Valladolid y comenzaron ese mismo verano con gran éxito. Se creó, al mismo tiempo, la “Unión de Estudiantes Franceses en España” a través de la que se realizaron todo tipo de actividades educativas.
Tras la muerte de D. Rodrigo de Sebastián en 1929, ocuparon la cátedra diversos profesores, destacando D. Gabriel León Trilla, traductor de numerosas obras del francés, inglés y ruso. Fue separado de la misma en 1937 por ser miembro del Comité Central del Partido Comunista y su plaza fue ocupada por D. Santiago Candendo López.
Durante todos estos años se fue incorporando diferente material didáctico tanto a la cátedra de francés como a la de inglés. A las primeras gramáticas y diccionarios se fueron sumando colecciones de libros de literatura, como las donadas por Ernest de Mérimée en 1920 y el Gobierno Francés en 1923 con motivo de la celebración de los cursos de verano, o las adquiridas con los fondos del Instituto. Desde principios del siglo XX, se incorporaron nuevos materiales didácticos: láminas murales, fotografías, tarjetas postales, visores manuales de películas y, algunos años después, medios sonoros que vinieron a mejorar de forma considerable, el aprendizaje de los idiomas.